Na Lagoa Pequena, a que se observa a partir do Observatório do Galeirão, a água não é doce nem salgada: é salobra!
Esta lagoa recebe água doce vinda da Lagoa da Estacada, que fica a montante, mas recebe também água do mar, que entra a partir da Lagoa Grande (ou Lagoa de Albufeira propriamente dita), quando o canal de ligação com o mar está aberto.
À semelhança do que acontece em Óbidos e em Santo André, a Lagoa de Albufeira é aberta ao mar todos os anos, para garantir a renovação das águas e a boa qualidade de todo o ecossistema lagunar. Trata-se de uma tradição muito antiga, que vem pelo menos desde o séc. XIV, embora na altura a periodicidade não fosse anual. A abertura faz-se na altura do equinócio da primavera, que coincide com marés de grande amplitude, para aumentar a probabilidade do canal ser aberto de forma eficaz e o mar entrar pela lagoa durante alguns meses. À medida que as areias se vão depositando, a ligação entre a Lagoa Grande e o mar fecha naturalmente, lá para fins do outono.
A Lagoa de Albufeira é considerada a Lagoa mais profunda de Portugal. Embora não existam estudos recentes, nas últimas medições foi registada uma profundidade de 15m na Lagoa Grande! A Lagoa Pequena conta com apenas 2m.
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